Основное отличие КТ и МРТ состоит в разных физических явлениях, которые используются в аппаратах. В случае КТ - это рентгеновское излучение, которое дает представление о ФИЗИЧЕСКОМ состоянии вещества, а при МРТ - постоянное и пульсирующее магнитные поля, а также радиочастотное излучение, дающее информацию о распределении протонов (атомов водорода), т.е. о ХИМИЧЕСКОМ строении тканей.
В случае КТ врач не просто видит ткани, но может изучать их рентгеновскую плотность, которая меняется при заболеваниях; в случае же МРТ врач оценивает изображения лишь визуально. Довольно часто МРТ или КТ-исследование назначает лечащий врач, но, как правило, лучше бы он делал это, посоветовавшись с лучевым диагностом: в целом ряде случаев вместо дорогой МРТ можно использовать более дешевую, но не менее информативную компьютерную томографию.
В целом, МРТ лучше различает мягкие ткани. Кости при этом не могут быть видны - резонанс от кальция отсутствует и костная ткань на МР-томограммах видна лишь опосредованно. Можно констатировать, что на сегодняшний день МРТ более информативна при диффузном и очаговом поражении структур головного мозга, патологии спинного мозга и краниоспинального стыка (здесь КТ вовсе неинформативна), поражении хрящевой ткани. КТ предпочтительная при заболеваниях грудной клетки, живота, таза. основания черепа. В ряде случаев, для установления правильного диагноза, приходится прибегать одновременно к МРТ и КТ.
МРТ более информативна:
Непереносимость рентгеноконтрастного вещества, когда его введение показано при КТ.
Опухоль мозга, воспаление мозговой ткани, инсульт, рассеяный склероз.
Все поражения спинного мозга, болезни позвоночника преимущественно у молодых и зрелых людей
Содержимое орбиты, гипофиз, внутричерепные нервы.
Суставные поверхности, связочный аппарат, мышечная ткань.
Стадирование рака (с введением контрастного вещества, например - Гадолиния).
КТ более информативна:
Острые внутричерепные гематомы, травмы мозга и костей черепа.
Опухоли головного мозга, нарушения мозгового кровобращения (мсКТ)
Поражение костей основания черепа, околоносовых пазух, височных костей.
Поражение лицевого скелета, зубов, челюстей, щитовидной и паращитовидной желез.
Аневризмы и атеросклеротическое поражение сосудов любой локализации (мсКТ).
Синуситы, отиты, поражение пирамид височных костей.
Заболевания позвоночника, в том числе - остеопороз, грыжи дисков, дегенеративные и дистрофические заболевания позвоночника, сколиоз и пр. Вопреки сложившемуся мнению, компьютерная томография гораздо более информативна для диагностики поражений позвонков и дисков, однако лечащие врачи не в состоянии увидеть изменения на компьютерных томограммах и рекомендуют пациентам более наглядную для себя МРТ 
Предпочтительна при раке легкого,туберкулезе, пнемонии и для уточнения сложных для трактовки рентгенограмм грудной клетки, при патологии грудной клетки и средостения.
Наиболее чувствительная методика для распознавания интерстициальных изменений в легочной ткани, фиброза и для поиска периферического рака легкого на доклинической стадии (мсКТ).
Практически при всем спектре патологический изменений в животе.
Повреждения и заболевания костей, исследование пациентов с металлическими имплантатами (суставы, аппараты внутреней и наружной фиксации и пр.).
Предоперационная мсКТ с трёхфазной ангиографией позволяет получить оптимальную анатомическую картину в зоне оперативного вмешательства и распознать большинство патологических процессов в органах живота и брюшной полости.
ОЧЕНЬ ВАЖНО ИНФОРМИРОВАТЬ ВАШЕГО ВРАЧА И ПЕРСОНАЛ КАБИНЕТА МАГНИТНО-РЕЗОНАНСНОЙ ТОМОГРАФИИ О НАЛИЧИИ У ВАС В ОРГАНИЗМЕ:
Металлических осколков
Беременности
Искусственного водителя ритма
Слухового аппарата или имплантатов в улитке
Металлических имплантатов
Несъемных металлических зубных мостов и/или коронок
Хирургических клипсов, например, в области аневризмы
Хирургических скобок
Стимуляторов боковых столбов
Кава-фильтров
СЛЕДУЕТ ПОМНИТЬ, ЧТО МР-ИССЛЕДОВАНИЕ НЕ МОЖЕТ БЫТЬ ПРОВЕДЕНО У ПАЦИЕНТОВ С ТЯЖЕЛЫМ НАРУШЕНИЕМ ЖИЗНЕННЫХ ФУНКЦИЙ, ТРЕБУЮЩИХ ПОСТОЯННОЙ АППАРАТНОЙ И ИНОЙ КОРРЕКЦИИ, А ТАКЖЕ У ЛЮДЕЙ С БОЯЗНЬЮ ЗАМКНУТОГО ПРОСТРАНСТВА И У ПАЦИЕНТОВ С НЕАДЕКВАТНЫМ ПОВЕДЕНИЕМ. При КТ таких противопоказаний нет.
